A raiz mais antiga do Sindicato e responsável por sua fundação oficial remonta a 1987. Naquele ano, os trabalhadores do Centro de Pesquisa e Desenvolvimento da Telebrás, em Campinas, interior de São Paulo, sofriam de um problema trabalhista crônico: o seu plano de carreira, cargos e salários (PCCS). O PCCS, que era aplicado igualmente a todas as empresas do grupo Telebrás era inadequado a um centro de pesquisas, além de ser autoritário e obsoleto. As regras para avaliações, preenchimento de cargos e ascensão, por exemplo, não eram objetivas e não haviam relações entre as suas diversas partes. Como resultado, a própria empresa aplicava muito pouco do PCCS, tornando-o praticamente inútil.  

Ao mesmo tempo, fervilhavam no CPqD várias propostas políticas destinadas ao setor de telecomunicações. As ideias, porém, não contavam com um espaço propício para serem debatidas e não existiam mecanismos para que fossem levadas adiante. Esses dois obstáculos foram a semente do que se tornaria o embrião do SINTPq. Em 30 de junho de 1987, era fundada a Associação dos Funcionários do CPqD (AFCPqD).

Embora a AFCPqD não tenha conseguido resolver os problemas do PCCS, na produção política ela superou expectativas. O grupo de política tecnológica da Associação tornou-se uma referência nacional pelo alto nível de suas propostas, tendo seus trabalhos citados em várias publicações até os dias atuais.

Quanto às questões trabalhistas, continuaram sendo tratadas pelos dois sindicatos que representavam os trabalhadores do Centro. Para os funcionários da Telebrás, havia o Sindicato dos Trabalhadores em Telefonia (Sintetel). Já os trabalhadores que faziam parte da mão-de-obra contratada, a chamada MOC, contratados através de instituições terceirizadas, eram representados pelo Sindicato dos Empregados de Agentes Autônomos do Comércio (SEAAC) que, devido à extensão do nome e ao grande número de categorias que abrange, foi apelidado de "Sindicatão". 

A Associação do CPqD acabou gerando um pólo de discussões em torno do tema C&T, participando inclusive do movimento SOS-C&T, abrindo um espaço maior para as discussões trabalhistas também. Os trabalhadores do centro elaboravam Pautas de Reivindicação em períodos de campanhas salariais, participavam das assembleias e via de regra saíam frustrados com a atuação dos dois sindicatos. 

"Na verdade, os trabalhadores pagavam para os sindicatos assinarem a proposta da empresa", denuncia Adelino Manuel Cabral, engenheiro do CPqD. "Não havia discussão e a nossa pauta era simplesmente ignorada", completa Cabral. Com o aumento da tensão, começou-se a pensar na criação de um sindicato próprio e voltado para as questões específicas da área de Ciência e Tecnologia. "Começou-se a colocar algumas cartas na mesa", conta Euzébio Mattoso Berlinck, advogado e funcionário do CPqD na época, "não havia, por exemplo, como resolvermos questões trabalhistas apenas com a Associação dos Funcionários".

A gota d’água deu-se em junho de 1990, quando o então governo Collor anunciou o corte de 10% de pessoal das empresas públicas e de economia mista, sob o pretexto de "moralizar" o serviço público. O resultado foi o corte no CPqD de 70 pesquisadores, muitos dos quais renomados e com grandes serviços prestados ao desenvolvimento da tecnologia nacional. A indignação gerada entre os trabalhadores, porém, não teve o respaldo dos sindicatos que os representavam.

A partir daí, ocorreu uma mobilização de vários trabalhadores preparando o terreno para o nascimento de um sindicato. E para dificultar as coisas, tudo tinha de ser feito na clandestinidade porque a direção do CPqD não deixava dúvidas que os envolvidos em tal processo poderiam sofrer uma demissão sumária.

Um papel importante nessa época foi desempenhado pelo Sindicato dos Trabalhadores em Ciência e Tecnologia de São José dos Campos, o SindC&T. Esse sindicato havia sido criado em junho de 1990 e forneceu experiência para a fase de formação do SINTPq. O processo culminou no dia 13 de novembro de 1990. Em um primeiro ato político, realizado ao meio-dia em frente ao CPqD, cerca de 700 pessoas, entre trabalhadores, políticos e sindicalistas de outros setores, reuniram-se para realizar o "Ato em defesa do CPqD e das atividades de P&D no Brasil". Foi a primeira grande mobilização em frente ao Centro de Pesquisas.

No mesmo dia, às 17h30, sob uma chuva torrencial, cerca de 100 trabalhadores do CPqD e do Centro Tecnológico para Informática (CTI), representantes da CUT, Sindicato dos Petroleiros e SindC&T reuniram-se na sede do Sindicato dos Eletricitários, no centro de Campinas, e fundaram o Sindicato dos Trabalhadores em Pesquisa, Ciência e Tecnologia, o SINTPq. Lá, foi aprovado um estatuto e uma direção, ambos provisórios. A direção provisória era composta por trabalhadores do CPqD e do CTI. Os trabalhadores do CTI eram, em sua maioria, oriundos do movimento SOS-C&T.

Demoraria apenas um mês e meio para a diretoria do CPqD se manifestar. Em 2 de janeiro de 1991, o diretor-superintendente do Centro demitiu sumariamente os sete diretores do SINTPq recém-eleitos. Desrespeitando a lei de estabilidade do dirigente sindical, a direção demonstrou claramente a intenção de acabar com a entidade. Resistindo ao golpe inicial, os diretores voltariam para a empresa em março de 1993, quando a Justiça do Trabalho determinou a reintegração dos dirigentes.

O fato da fundação do Sindicato ter sido realizada por funcionários do CTI e do CPqD pode dar a falsa impressão que somente os trabalhadores dessas bases contribuíram na formação do SINTPq, o que seria uma injustiça. Antes mesmo da fundação do Sindicato, travavam-se algumas lutas paralelas que se juntaram ao SINTPq ainda no começo de sua história. Lutas como a do Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, atual CNPEM, que logo em 1991 aderiu com filiações em massa ao SINTPq como forma de resistir à representação do Sindicatão. Outro exemplo é a história de luta dos trabalhadores do Instituto de Pesquisas Tecnológicas (IPT), que sempre tiveram a coragem de promover atos e greves durante anos sem o respaldo do Sindicatão, que também os representava. Esses profissionais juntaram-se oficialmente ao SINTPq em 1993.

Atualmente, o SINTPq representa mais de 7 mil trabalhadores e trabalhadoras, divididos em mais de 30 empresas. Os desafios são cada vez maiores, mas o empenho e o orgulho de representar uma categoria tão importante para o Brasil também cresce a cada dia.